股东不和时员工的工作指令遵循问题，核心是依据公司治理规则明确决策主体。下面为您分情况详细说明：
股东不和时，员工应听从公司依法作出的有效决策指令，具体需结合决策主体及程序判断：
1. 若存在公司章程/股东协议明确的决策机制（如股东会/董事会决议规则），员工需执行经该机制通过的有效指令，无论单个股东意见如何
2. 若涉及日常经营决策，且公司章程规定由执行董事/经理负责，员工应听从执行董事/经理的指令，除非该指令被股东会/董事会依法撤销
3. 若股东同时担任公司高管（如法定代表人、总经理），且其指令符合公司章程规定的职权范围，员工需执行；若超出职权，员工有权拒绝
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股东不和时员工若采取错误操作，可能卷入公司纠纷或承担责任，以下是常见的错误行为：
1. 随意听从持股比例高的股东指令：部分员工认为持股多的股东“说了算”，但公司法规定重大决策需股东会表决通过，仅持股比例高不代表指令必然有效，随意执行可能导致行为无效
2. 因股东不和拒绝执行所有指令：员工以股东分歧为由消极怠工，违反劳动合同约定的工作义务，可能被公司以旷工或不服从管理为由解除劳动合同
3. 擅自向外部泄露股东分歧细节：员工将股东不和的内部矛盾泄露给客户或竞争对手，违反公司保密义务，需承担赔偿责任
若您已出现上述错误操作或担心承担责任，建议尽快向专业律师咨询，明确自身法律风险及应对措施。
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股东不和时员工若处理不当，可能面临法律风险，以下是具体风险点及实例说明：
1. 执行无效指令的赔偿风险：若员工听从某股东的个人指令（未通过股东会/董事会决议），导致公司利益受损，公司可能依据劳动合同要求员工赔偿损失。例如：股东A未召开股东会擅自指令员工停止与客户B的合作，导致公司违约赔偿客户10万元，公司可向员工追偿该损失
2. 被认定为“协助股东损害公司利益”的风险：若员工明知某股东指令违反公司章程（如股东C指令员工转移公司资金至其个人账户）仍执行，可能被认定为协助股东损害公司利益，需与股东承担连带责任。
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股东不和时，部分特殊情况会影响员工对指令的判断，以下是常见情形及影响：
1. 公司章程未明确决策程序的例外：若公司章程未约定股东会表决比例、高管职权范围，股东可能各执一词。此时需依据公司法默认规则（如股东会决议需过半数表决权通过）判断指令合法性，员工需更谨慎审查指令的决策依据，否则易执行无效指令
2. 股东同时担任法定代表人的特殊情形：若股东D担任法定代表人，其以个人名义发出指令时，员工需区分是“法定代表人职务行为”还是“股东个人行为”——若指令加盖公司公章则为职务行为，员工应执行；若仅以股东个人名义且无公司授权，指令无效
3. 公司处于清算或诉讼阶段的例外：若公司因股东不和进入清算程序，清算组成为决策主体，员工需听从清算组指令，原股东/高管的指令不再具有效力，否则可能影响清算程序的合法性

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